Während der Unruhen zu Beginn des 17. Jahrhunderts wurde das Donskoj-Kloster von den Polen unter der Führung von Hetman Chodkiewicz beschlagnahmt und geplündert. Dann wurde fast ganz Moskau niedergebrannt und verwüstet. Nach der Verwüstung verfiel das Kloster und wurde dem Andronikow-Kloster zugeordnet. Durch den Eifer der Zaren Michail Fjodorowitsch und Alexej Michailowitsch Romanow in den 20er Jahren des 17. Jahrhunderts wurde das Kloster wiederbelebt. Von Moskau aus wurden hierher Prozessionen durchgeführt, an denen stets auch die Herrscher teilnahmen.
1673 wurde der Kleinen Kathedrale ein Refektorium hinzugefügt. Fünf Jahre später wurden zum Gedenken an den Sieg über die Türken bei Tschigirin zwei Kapellen errichtet, die mit Zwiebeltürmen gekrönt wurden: die südliche - zu Ehren des Ehrwürdigen Sergij von Radonesch, die nördliche - zum Gedenken an den Großmärtyrer Fjodor Stratilat .
Der umfangreiche Umbau begann im Kloster 1684 mit dem Bau der steinernen Neuen Kathedrale zu Ehren der Ikone der Muttergottes vom Don, später Bolschoi, d. h. Große genannt. Die Kirche wurde im Naryschkin-Stil erbaut, seine Wände wurden Ende des 18. Jahrhunderts mit Fresken zu biblischen Themen aus dem Alten und Neuen Testament bemalt.
1714 wurde über den nördlichen Toren des Klosters eine Kirche zu Ehren der Ikone der Gottesmutter von Tichwin errichtet. Einige Jahrzehnte später wurde ein Glockenturm mit einer Uhr errichtet.
Ende des 18. Jahrhunderts wurde im Donskoj-Kloster eine umfangreiche geistliche und pädagogische Arbeit durchgeführt: Die theologische Schule bereitete die Schüler auf den Eintritt in das Priesterseminar vor. Kinder aus armen Familien wurden hier kostenlos unterrichtet.
Zu Beginn des 19. Jahrhunderts war das Donskoi-Kloster eines der privilegiertesten und reichsten Klöster Russlands, das einen großen Einfluss auf das geistige und politische Leben des ganzen Landes hatte, und bis 1917 - eines der sechs stauropegialen Klöster erster Klasse im Russischen Reich.
Im Donskoj-Kloster verbrachte der nach der Oktoberrevolution 1917 vom Sowjetregime verfolgte Patriarch von ganz Russland, Tichon (Bellawin), die meiste Zeit seiner Haft. Fast bis zu seinem Tod, am 7. April 1925, befand sich der Patriarch im Donskoj-Kloster, teilweise in fast völliger Isolation von seiner Herde. Nach dem Tod des Patriarchen nahmen 60 Bischöfe gemeinsam an seiner Trauerfeier in der Großen Kathedrale des Klosters teil und die nachfolgende Beerdigung erfolgte im südlichen Refektorium der Kleinen Kathedrale des Klosters.
1926 wurde das Kloster geschlossen, es wurden keine Gottesdienste abgehalten und die Brüder des Klosters wurden zerstreut und verfolgt.
Die Klostergebäude wurden als antireligiöses Museum genutzt. 1935 wurde auf dem Territorium des Donskoj-Klosters ein Museum für russische Architektur eröffnet. Details bzw. Fragmente des Stuckes zerstörter oder geschlossener Kirchen Moskaus, darunter der Christ-Erlöser-Kathedrale, des Sucharew-Turmes, der Mariä Entschlafungs-Kathedrale auf der Pokrowka, die wichtigsten Fragmente des Bronzedekors des Triumphbogens wurden hier hergebracht .
Das gesamte Gelände des Donskoj-Klosters war geöffnet. Diejenigen, die hier aufgewachsen sind, erinnern sich daran, in den Ruinen des Klosters Verstecken gespielt zu haben.
Während des Großen Vaterländischen Krieges änderte sich die Haltung des Staates gegenüber der Kirche etwas. 1948 gaben die Behörden die Kleine Kathedrale des Donskoj-Klosters an das Moskauer Patriarchat zurück. Die Kathedrale wurde mit einem Ofen zur Zubereitung des Myrons ausgestattet.
Im Laufe des 19. Jahrhunderts bildete sich das architektonische Ensemble des Klosters weiter aus, das bis heute erhalten geblieben ist. Es enthält:
Kleine Kathedrale (1591)
Große Kathedrale mit achtrangiger Ikonostase (1698)
Kirche zu Ehren der Darstellung Christi im Tempel
Torkirche zu Ehren der Ikone der Gottesmutter von Tichwin
Kirche des Erzengels Michael (1809)
Kirche zu Ehren des Ehrwürdigen Alexander von Svir (1789)
Torkirche zu Ehren des rechtschaffenen Zacharija und Elisabeth (1755)
Kirche zu Ehren des Ehrwürdigen Johannes Klimakos (1898)
Kirche zu Ehren des Hl. Johannes Chrysostomus und der Großmärtyrer Katharina (1891)
Mit dem Segen Seiner Heiligkeit Patriarch Alexij II. wurde 1997 eine Kirche zu Ehren des Hl. Tichon (Bellawin) gebaut, der von den sowjetischen Behörden im Donskoj-Kloster inhaftiert war. Die Kirche zu Ehren des heiligen Großmärtyrers Georg des Siegreichen und die Kirche zu Ehren des heiligen Fürsten Alexander Newski wurden erst in den letzten Jahren erbaut.
So hieß früher die Nekropole des Donskoi-Klosters. Seit dem 17. Jahrhundert ist das Kloster eine bekannte Ruhestätte der berühmtesten Menschen ihrer Zeit, der Hauptfriedhof des höchsten russischen Adels und wohlhabender Kaufleute. Berühmte Schriftsteller, Dichter, Architekten, Wissenschaftler sind dort begraben. Dies ist die einzige Nekropole in Moskau, die die Sowjetzeit ohne nennenswerte Verluste überstanden hat.
Der Klostergarten und die Nekropole wurden von der Moskauer Intelligenz für Spaziergänge genutzt. Junge Künstler lieben es, die außergewöhnliche Sammlung von Grabsteinen zu malen.
Am 30. Oktober 1990 wurden auf Beschluss des Exekutivkomitees der Stadt Moskau sieben Kirchen des Donskoj-Klosters der Russisch-Orthodoxen Kirche übertragen. Im Mai 1991 wurde im Kloster das klösterliche Leben wiederbelebt. Im selben Jahr fand dort zu Ehren des 400-jährigen Bestehens des Klosters eine feierliche Prozession unter der Führung von Patriarch Alexij II. statt.
Im Februar 1992 wurde bei der Renovierung der Kleinen Kathedrale der Sarg mit den Reliquien des Patriarchen Tichon entdeckt. Er wurde als Bekenner heiliggesprochen und die sterblichen Überreste wurden in einem Sarkophag in die Großen Kathedrale überführt.
Heute befindet sich auf dem Territorium des Donskoj-Klosters das Referat des Heiligen Synods für die Zusammenarbeit mit der Kosakenschaft, eine Restaurierungswerkstatt, eine Ikonenwerkstatt, eine Werkstatt für Goldstickerei, der Jugendclub "Donskoj", eine Sonntagsschule für Kinder, theologische Kurse und Auffrischungskurse für Lehrer im Fach "Grundlagen der orthodoxen Kultur". Geplant ist ein großes Bildungszentrum für die Jugend, eine offene Bibliothek, eine große Buchhandlung und drei Museen.
Das Kloster hat seine eigene Mission: der soziale, erzieherische und missionarische Dienst an den Menschen, die ins Kloster kommen.