Nicephoros wurde in den 1540er Jahren in Konstantinopel als Sohn einer wohlhabenden Familie geboren und wurde in Italien an der Universität von Padua ausgebildet.
Anschließend wurde er zum Diakon geweiht und trat seinen Dienst in der orthodoxen Markus-Kathedrale in Venedig an, wo er sieben Jahre lang als Prediger tätig war. Während seines langen Lebens in Italien hat er den römischen Katholizismus und die westliche Kultur gut studiert.
Anfang der 1580er Jahre befindet er sich in Konstantinopel und erlangt eine bedeutende Position im Patriarchat von Konstantinopel. Dort setzte sich Nikiphoros mit ungewöhnlicher Energie für die Verteidigung der Lehre und der Traditionen der Orthodoxie ein.
In dieser Zeit lernte er so prominente Persönlichkeiten wie Fürst Konstantin Ostrogsky und Kanzler J. Zamoyski kennen. Sie luden ihn ein, an den von ihnen gegründeten Schulen zu unterrichten. Nicephoros nahm die Einladung von Fürst Konstantin, einem orthodoxen Fürsten, an und lehnte die Bitte von Zamoyski, einem Katholiken, ab.
Während der Gefangenschaft des Patriarchen Jeremias von Konstantinopel auf Rhodos war Nicephorus äußerst aktiv und setzte seine ganze Kraft ein, um die rechtmäßige Autorität und Ordnung in der Kirche wiederherzustellen. Er selbst wurde ins Exil auf die Insel Zypern geschickt.
Die Rückkehr von Patriarch Jeremias auf den Thron Ende 1587 befreite Nicephoros jedoch nicht von seinen lästigen Pflichten bei der Organisation der Angelegenheiten des Patriarchats.
Nicephoros blieb insgesamt drei Jahre lang Erzdiakon und verwaltete die Angelegenheiten des Patriarchats. Höchstwahrscheinlich ist dies der einzige Fall in der Geschichte der Orthodoxie. Der Beiname "der Weiseste", der Nicephoros verliehen wurde, entsprach seinen Gaben und dem Spektrum seiner Aktivitäten. Er genoss die Liebe und das volle Vertrauen des Patriarchen Jeremias. Die besonderen Rechte, die Nicephoros als Exarch erhielt, wurden durch eine Charta der beiden Patriarchen Jeremias und Meletios von Alexandria bestätigt.
Mit dem ihm eigenen Elan organisierte Nicephoros die Verurteilung der Union auf dem Konzil in Iasi (Moldawien) im Sommer 1595. Unnachgiebig in der Frage der von Rom und der polnischen Regierung auferlegten Union, erscheint er dennoch als Friedensstifter und rettet polnische Truppen vor einem türkisch-tatarischen Heer. Aus diesen Ereignissen geht hervor, dass Nicephoros kirchliche Angelegenheiten klar von politischen und nationalen Fragen trennte.
Exarch Nicephoros wird durch Hetman Zamoyski in die Grenzstadt Khotyn gelockt und wurde sofort als türkischer Spion verhaftet. Nicephoros verbrachte sechs Monate in Haft, floh aber aus dem Gefängnis und kehrte er in die polnischen Gebiete zurück, um die Orthodoxie gegen die Union zu verteidigen. Die Ankunft von Nicephoros in Brest auf dem Konzil, wo er unter dem Schutz von Fürst Konstantin Ostroschskij erschien, war entscheidend für den weiteren Verlauf der Ereignisse. Erzdiakon Nicephoros gelang es mit seiner großen Erfahrung und Intelligenz, die Orthodoxen zu organisieren und die Sitzungen der orthodoxen Seite abzuhalten, sodass die Beschlüsse des orthodoxen Konzils Rechtskraft erhielten und die Unierten verurteilt wurden.
Unmittelbar nach dem Konzil begann die Verfolgung der Orthodoxen, aber selbst unter diesen Umständen verhielt sich Nicephoros weiterhin unabhängig und mutig. Nicephoros blieb und organisierte weiterhin den Widerstand gegen die Union, verschickte Briefe und ermutigte und überzeugte die Unterdrückten.
Kurz darauf wurde Nicephoros erneut beschuldigt, für die Türkei zu spionieren und wurde vor Gericht gestellt. Die Anklage gegen Nicephoros lautete nicht nur auf Spionage, sondern auch auf andere Verbrechen, auf die die Todesstrafe stand: Erpressung, Mord, Ehebruch mit der Mutter des Sultans und feindliche Handlungen gegen Polen in Moldawien. Nicephoros wies alle Anschuldigungen entschieden zurück. Der Prozess endete mit einem kompletten Misserfolg der Ankläger, aber der Erzdiakon wurde nicht freigelassen.
Ohne jede Verurteilung wurde er auf Schloss Malborg inhaftiert. Zwei Jahre nach dem Prozess starb Nicephoros in der Haft. Sein Tod wurde lange verheimlicht, aber dennoch sind jetzt mehrere Dokumente gefunden worden, die auf einen gewaltsamen Tod schließen lassen.
Exarch Nicephoros ist ein unbestrittener Märtyrer, der sein ganzes Leben lang unermüdlich für den Glauben gekämpft hat. Die Taten von Exarch Nicephoros sind nicht national geprägt. Nicephoros selbst war Grieche, aber er war auch Menschen anderer Nationalitäten zugetan. Er kämpfte für die Kirche in dem Bewusstsein, dass sie über-national ist, dass es weder “Griechen noch Juden, Skythen oder Barbaren” gibt.
